Instituto Multidisciplinar (IM), câmpus Nova Iguaçu
Em 2006, a graduação da UFRRJ estava centralizada, sobretudo, no câmpus Seropédica. Junto com o prédio de aulas no município de Nova Iguaçu, a Universidade oferecia um total de 23 cursos.
Neste mesmo ano, o governo federal e o Ministério da Educação (MEC) iniciaram uma discussão com asInstituições Federais de Ensino Superior (Ifes) para aumentar o número de universidades federais, além de reestruturar e expandir todo o complexo das Ifes já existentes no Brasil através do Programa de Apoio a Planos de Reestruturação e Expansão das Universidades Federais (Reuni).
O objetivo principal do Reuni era ampliar o acesso dos estudantes e garantir sua permanência na educação superior, através da implantação de uma série de medidas que fortalecessem a retomada do crescimento no ensino superior público. Para isso, o MEC ofereceu suporte financeiro para que as instituições participantes pudessem promover sua expansão física, acadêmica e pedagógica.
Na graduação, a UFRRJ abriu 34 novos cursos, totalizando 57; número que representa mais que o dobro em relação ao que disponibilizava em 2006. Sua tradição de ensino fortemente agrária se expande então para as áreas de Ciências Humanas e Ciências Sociais Aplicadas e dois novos câmpus são criados: o de Nova Iguaçu (Instituto Multidisciplinar – IM) e o de Três Rios (Instituto Três Rios – ITR). Hoje, a UFRRJ oferece 57 cursos de graduação em seus três câmpus de Seropédica, Nova Iguaçu e Três Rios, atendendo cerca de 18 mil alunos matriculados.
Também após o Reuni, a pós-graduação na UFRRJ passou por um período de expansão. Entre 2004 e 2014, houve um crescimento de mais de 100%, passando de 17 cursos oferecidos na modalidade stricto sensu para mestrado e doutorado em 2004, para 41 em 2014. Hoje, a UFRRJ tem cerca de 2.000 alunos matriculados em seus 41 cursos de pós-graduação stricto sensu.