As unidades que compõem a Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro são: a Reitoria, as Pró-reitorias, os Institutos, além de outros órgãos.
REITORIA
A Reitoria é o órgão máximo de execução, coordenação, fiscalização e superintendência de todas as atividades da Instituição. É exercida pelo Reitor, auxiliado pelo Vice-Reitor, que o substitui em suas faltas e impedimentos. Ocupam atualmente (2021-2025) esses cargos:
Assessores Especiais da Reitoria
Paulo Henrique Correia Chaves
Erica Guerra da Silva
Ana Carolina do Carmo Barboza
Gabinete da Reitoria
Secretaria de Órgãos Colegiados
Arthur Santiago Junior
SiteCoordenadorias e Assessorias
A partir de 1977, visando à aplicação do princípio de delegação de competência, a Reitoria colocou em funcionamento as Pró-reitorias, órgãos executivos de coordenação e supervisão ligados diretamente à Reitoria:
Pró-Reitorias
INSTITUTOS
Unidades Universitárias coordenadas e integradas administrativamente, onde as atividades de ensino, pesquisa e extensão são desenvolvidas. Cada Instituto é integrado da seguinte forma: Conselho Departamental, Diretoria, Departamentos e Secretaria Administrativa.
São 14 Institutos
São também órgãos da Administração Central:
Demais Órgãos