Atualmente, com a aprovação do seu novo regimento interno, a PROAES está organizada da seguinte forma:
I – Gabinete do Pró-Reitor de Assuntos Estudantis;
II – Secretaria Administrativa da PROAES;
III – Divisão de Assistência Alimentar (DIAA)
IV – Divisão de Residência Estudantil (DIRE);
V – Divisão Multidisciplinar de Assistência ao Estudante (DIMAE);
VI – Divisão de Gestão de Suprimentos da Assistência Estudantil (DIGSAES);
VII – Setor dos Restaurantes Universitários (SERU);
VIII– Setor de Residência Estudantil (SERE);
IX – Setor de Manutenção da Residência Estudantil (SEMRE);
X – Setor de Atenção Especial ao Estudante (SAEE);
XI – Setor de Bolsas e Auxílios ao Estudante (SEBAE);
XII – Setor de Apoio Psicossocial ao Estudante (SEAPE);
A estrutura organizativa pode ser visualizada no organograma abaixo: